Struktur Organisasi DI2BK merupakan Direktorat yang dibawahi oleh Rektor III, mempunyai 3 (tiga) bidang yaitu Kompetensi Inovasi & Teknologi Tepat Guna, Pusat Pengembangan Inkubasi Bisnis & Kewirausahaan, dan Bidang Kerjasama dan Urusan Internasional seperti terlihat pada gambar berikut:
